2041 год. В результате масштабного прогресса в области кибернетики у людей появилась возможность заменять собственные конечности на роботизированные протезы. Сотрудник 9-го управления службы безопасности, майор Мотоко Кусанаги, занимается расследованием дела, связанного с загадочным хакером, известным под именем Кукловод.
Она погружается в сложную сеть цифровых следов и киберпреступлений, пытаясь раскрыть мотивы и личность этого таинственного злоумышленника. Каждый новый шаг в расследовании приближает её к разгадке, но одновременно порождает новые вопросы о природе технологий и человеческой идентичности в эпоху синтеза человека и машины.